[서울=뉴스핌] 김현구 기자 = 국세청에 대한 정기감사 결과, 법인·개인사업자 정기 세무조사 대상이 부당하게 선정되거나 상속·증여세 회피 방지를 위한 부채 사후관리가 부실해 수백억원대 세수 누락·일실 우려가 발생한 사실이 확인됐다.

감사원은 27일 '국세청 정기감사' 결과를 공개하고 총 23건의 지적 사항을 확인했다고 밝혔다. 

◆ 세무조사 대상 선정부터 흔들…법인 120곳·개인 64명 부당 선정

감사원에 따르면 국세청은 2022·2023사업연도 법인 성실도를 각각 2023·2024년도 말에 평가하는 과정에서 특정 유형 법인들의 일부 평가항목 기본점수 18~32점을 누락해 0점 처리했다. 이를 지방국세청에 정기 세무조사 대상 선정 기초자료로 제공했다.

그 결과 2024년 세무조사 대상 30개, 2025년 대상 90개 등 모두 120개 법인이 불성실 신고 혐의 법인으로 잘못 선정되는 부당한 결과가 발생했다.

개인사업자 조사대상 선정도 허술했다. 지방청들은 본청 선정지침을 어기거나 업무를 소홀히 해 2020~2022사업연도에 대한 개인 정기 세무조사 대상 64명을 부당하게 선정했다. 본청은 이를 별다른 확인 없이 인정했다.

또 감사원은 신고 성실도와 무관하거나 관련성이 낮은 항목이 세무조사 대상 선정 평가기준에 포함돼 2020~2022사업연도 성실도 평가에서 법인 1615개가 불이익을 받았다. 반대로 2022년 모범납세자 중 9개 법인은 이후 불성실 신고 내용이 상쇄돼 점검 대상에서 빠졌다고 지적했다.

◆ 부채사후관리 72억 과세 누락…가족 간 817억 거래도 증여추정 재점검

세원관리 분야에서도 대규모 누락이 확인됐다. 감사원은 국세청이 상속·증여세 결정 과정에서 인정한 사인 간 부채를 국세행정시스템(NTIS)에 등록해 사후관리하고 있다. 하지만 2025년 3월 기준 관리 대상 111만 여건 중 실제 점검은 연 1만 여건, 약 1%에 불과하다고 지적했다.

최근 4년간 부과제척 기간 15년이 임박한 1억원 이상 부채 1252건 중 312건은 한 번도 점검대상으로 선정되지 않았다. 지방청이 소멸시효 완성 추정 부채 422건과 이자 지급·원금 상환 없는 만기연장 부채 73건 등 495건에 대해 사실상 형식 보고만 했는데도 본청이 방치한 사실도 드러났다.

이 과정에서 채권자 이자소득 신고 여부와 채무자 미지급 이자에 대한 증여세 신고 여부, 채권자 사망에 따른 상속재산 반영 여부을 제대로 확인하지 않아 소득세·증여세 55억원과 상속세 17억원 등 모두 72억원이 과세 누락됐다.

가족 간 양도거래에 대한 검토도 문제였다. 감사원은 배우자와 직계존비속 등 특수관계인 간 주식·부동산 양도거래 대가를 금전소비대차 등으로 갈음한 사례 25건을 점검한 결과, 22건, 817억원 규모 거래가 통상적·경제적 합리성이 부족한데도 양도거래로 인정됐다고 지적했다.

◆ 사무장병원 과세자료 묵혀 부가세 613억 일실·일실 우려  

의료법 위반 과세자료 관리 부실도 대형 지적 사항이었다. 국세청은 2020년 이후 국민건강보험공단으로부터 해마다 의료법·약사법 위반자, 이른바 사무장병원의 명단을 제출받아 과세자료로 축적해왔다. 하지만 유죄 확정 여부를 확인해 지방청에 과세자료를 생성·시달하는 후속 조치를 제대로 하지 않았다.

그 결과 105개 위반기관은 유죄 확정 후에도 계속 방치돼 부가가치세 267억원이 이미 일실(逸失) 됐다. 유죄가 확정된 64개 기관은 과세자료 생성·시달이 제대로 되지 않아 310억원 추가 일실 우려가 있는 상태로 나타났다. 또 24개 기관은 유죄 확정 전 부과제척 기간이 먼저 지나 36억원이 일실됐다. 모두 613억원 규모다.

hyun9@newspim.com